Marieluise Beck stand mit zahlreichen Aktivitäten in Kontinuität mit den früheren Ausländerbeauftragten. Sie veröffentlichte 1999 erstmals den jährlichen „Migrationsbericht“, der die Zu- und Abwanderung nach und aus Deutschland auch mit der Zielsetzung darstellte, versachlichend auf die politische Zuwanderungsdebatte einzuwirken.
In der Koalitionsvereinbarung zwischen SPD und Bündnis 90/Die Grünen (Oktober 1998) wurde zum ersten Mal – neunzehn Jahre nachdem Heinz Kühn dies gefordert hatte – anerkannt, dass ein unumkehrbarer Zuwanderungsprozess nach Deutschland stattgefunden habe und dass man auf die Integration der dauerhaft in Deutschland lebenden Zuwanderer setzen müsse. Ins Zentrum der Integrationspolitik wollte man die Schaffung eines modernen Staatsangehörigkeitsrechts stellen. Unter dem Stichwort „Minderheitenrechte“ wurde in der Koalitionsvereinbarung ein Gesetz gegen Diskriminierung und zur Förderung der Gleichbehandlung angekündigt, das auch die Diskriminierungsmerkmale Hautfarbe und ethnische Zugehörigkeit berücksichtigt.
Die Zuwanderungs und Flüchtlingspolitik wurde in der 14. Legislaturperiode auch dadurch geprägt, dass die EU mit dem Vertrag von Amsterdam (1999) erstmals Zuständigkeiten für diese Bereiche erhielt. Die größtenteils während der Amtszeit von Marieluise Beck verabschiedeten 11 EU-Richtlinien zu Drittstaatsangehörigen wurden schließlich in der 16. Legislaturperiode in nationales Recht umgesetzt.
Die Reform des Staatsangehörigkeitsrechts wurde im Jahr 1999 beschlossen. Seit 2000 gilt zusätzlich zum „ius sanguinis“ (Abstammungsprinzip) das „ius soli“ (Geburtsrecht). Seit diesem Zeitpunkt werden in Deutschland geborene Kinder von ausländischen Eltern mit der Geburt automatisch Deutsche, wenn die Eltern bestimmte Voraussetzungen erfüllen. Auch die Anspruchseinbürgerung wurde weiter erleichtert. Im Jahr 2000 stieg die Zahl der Einbürgerungen im Vergleich zum Vorjahr um rund 30 Prozent auf knapp 187.000 an.
Einen Schwerpunkt ihrer Arbeit setzte Marieluise Beck im Bereich der Flüchtlingsangelegenheiten auf nationaler wie auch auf europäischer Ebene. Sie trug positiv zu mehreren Bleiberechtsregelungen auf der Ebene der Innenministerkonferenz bei. Das grundsätzliche Arbeitsverbot für Asylbewerberinnen und -bewerber und Personen mit einem humanitären Aufenthaltsstatus wurde wieder aufgehoben, die Zugangsmöglichkeiten zum Arbeitsmarkt wurden verbessert. Das eigenständige Ehegatten-Aufenthaltsrecht konnte durch eine entsprechende Änderung des Ausländergesetzes entscheidend verbessert werden.
Eine systematische Integrationspolitik war für Marieluise Beck unabdingbar verbunden mit der Gestaltung von Migration. In ihrem „Bericht über die Lage der Ausländer in der Bundesrepublik Deutschland“ (Februar 2000) an den Deutschen Bundestag schlug die Beauftragte „Leitlinien der Integrationsförderung“ vor und stellte im Dezember 2000 „Eckpunkte für eine Integrationsgesetzgebung“ vor, deren Grundgedanken im späteren Zuwanderungsgesetz aufgenommen wurden.
Das Entwurf zum „Gesetz zur Steuerung und Begrenzung der Zuwanderung und zur Regelung des Aufenthalts und der Integration von Unionsbürgern und Ausländern“ (2001), kurz „Zuwanderungsgesetz“ genannt, enthielt liberalisierende Bestimmungen im Bereich von Arbeitszuwanderung (sogenanntes Punktesystem) und Einwanderung. Andererseits brachte er aber auch Verschärfungen im Hinblick auf die Aufnahme von Flüchtlingen und Asylsuchenden sowie im Bereich des „Rückkehrmanagements“ mit sich. Integration wurde in dem Entwurf erstmals zur gesetzlichen Aufgabe erklärt.
Das Zuwanderungsgesetz, das schließlich am 1.1.2005 in Kraft trat, war im Ergebnis ein „Allparteienkompromiss“. Zwar konnte die Bundesregierung ihr Ziel, ein Punktesystem im Bereich der Arbeitsmigration einzuführen, nicht erreichen. Damit blieb die Arbeitskräftezuwanderung nach Deutschland grundsätzlich davon abhängig, dass zuvor eine konkrete offene, aus dem Inland nicht besetzbare Stelle nachgewiesen wurde. Allerdings wurde über die Vereinfachungen des Genehmigungsverfahrens bei der Zustimmung zur Ausübung einer Beschäftigung („one stop government“) Einvernehmen erzielt.
Auch im Bereich des Kindernachzugs wurden rechtliche Verbesserungen erreicht, beim Familiennachzug im humanitären Bereich wurden jedoch einschränkende Regelungen gesetzlich verankert. Im humanitären Abschnitt des Gesetzes wurden nun auch nichtstaatliche und geschlechtsspezifische Verfolgung bei der Anwendung der Genfer Flüchtlingskonvention berücksichtigt. Die von Kirchen und Flüchtlingsverbänden kritisierte Kettenduldungspraxis hingegen wurde kaum verändert.
Politischer Konsens bestand im Bereich der systematischen Förderung beziehungsweise des Ausbaus von Integrationsangeboten, die das Erlernen der deutschen Sprache für Neuzuwanderer in den Mittelpunkt stellten. So gibt es seit dem 1. Januar 2005 die Integrationskurse des Bundes, in denen Zuwanderer neben dem Erwerb der deutschen Sprache auch mit der Geschichte, Kultur und dem politischen System der Bundesrepublik Deutschland vertraut gemacht werden.
Mit Beginn der 15. Legislaturperiode im Oktober 2002 wurde Marieluise Beck zur „Beauftragten der Bundesregierung für Migration, Flüchtlinge und Integration“ ernannt. Die erneute Umbenennung des Amtes trug den veränderten Zielgruppen und Aufgabenbereichen Rechnung. Integration wurde fortan als gesamtgesellschaftliche Aufgabe definiert, die sich nicht allein auf ausländische Staatsangehörige bezieht. Die Bezugspunkte reichten von der Bildungs- und Sozialpolitik, der Ausbildungs- und Arbeitsförderung über die Kinder-, Jugend- und Frauenpolitik bis hin zu Stadtentwicklung und dem Verbraucherschutz. Gleichzeitig wurde Marieluise Beck zur Parlamentarischen Staatssekretärin bei der Bundesministerin für Familie, Senioren, Frauen und Jugend ernannt. Das Amt der Beauftragten nahm sie weiterhin in unabhängiger und ehrenamtlicher Funktion wahr.
In ihrem Memorandum „Integrationspolitik als Gesellschaftspolitik in der Einwanderungsgesellschaft“ (Oktober 2005) legte Marieluise Beck ihre wichtigsten Leitbilder, Ziele und Handlungsfelder dar. Einleitend heißt es darin: „Integrationspolitik ist mehr als Ausländer- oder Minderheitenpolitik, auch mehr als Sprachförderung und Eingliederungshilfe. Integrationspolitik in der Einwanderungsgesellschaft ist Gesellschaftspolitik. Integrationsförderung betrifft alle Politik- und Lebensbereiche und muss als Querschnittsaufgabe verstanden und verankert werden. Es geht nicht um das Ob, sondern allenfalls um das Wie von Integration.“