Mit dem Amtsantritt Cornelia Schmalz-Jacobsens wurden die Einflussmöglichkeiten der Beauftragten innerhalb der Bundesregierung entscheidend verbessert. Sie war bei der Vorbereitung von Gesetzen und Rechtsverordnungen sowie bei sonstigen Angelegenheiten, die ihren Aufgabenbereich betreffen, zu beteiligen. Alle Bundesressorts hatten sie bei der Erfüllung ihrer Aufgaben zu unterstützen. Auch der Name des Amtes änderte sich und lautete nun „Beauftragte der Bundesregierung für die Belange der Ausländer“.

Die Amtszeit Cornelia Schmalz-Jacobsens begann unter denkbar schwierigen Bedingungen. Anfang der 1990er Jahre verzeichnete die Bundesrepublik die höchsten Zuwanderungsraten seit der Aufnahme der Heimatvertriebenen in den ersten Nachkriegsjahren. Aus dem ehemaligen Jugoslawien kamen große Gruppen von Kriegsflüchtlingen nach Deutschland. 1992 und 1993 wurden die häufigsten und gewalttätigsten fremdenfeindlichen Straftaten verübt. Gleichzeitig strebte die teilweise sehr emotional geführte Asyldebatte ihrem Höhepunkt zu.Neben Staatsangehörigkeit und Einbürgerung gehörten somit auch der Umgang mit Flüchtlingen sowie die Bekämpfung der Fremdenfeindlichkeit zu den bestimmenden Themen der Amtszeit von Cornelia Schmalz-Jacobsen.

1993 legte sie einen Gesetzentwurf zur Änderung und Ergänzung des Staatsangehörigkeitsrechts vor, der das „ius soli“ (Geburtsrecht) für in Deutschland geborene Ausländerkinder, weitere Erleichterungen bei der Einbürgerung sowie die Hinnahme von Mehrstaatigkeit vorsah.

Kennzeichnend für ihre Tätigkeit war eine breite Palette der Öffentlichkeitsarbeit zu Themen wie Ausländerrecht, Einbürgerung, Kriminalität, Gesundheit und Migration, Doppelstaatsangehörigkeit, Bildungs- und Ausbildungssituation und Erwerb deutscher Sprachkenntnisse. 

Im November 1997 wurden die Stellung und Aufgaben der Ausländerbeauftragten erstmals gesetzlich geregelt. Die Aufnahme in das Ausländergesetz (§§ 91a bis 91c) stellte eine deutliche Aufwertung des Amtes dar. Damit einher ging auch eine weitere Änderung der Amtsbezeichnung. Sie lautete nun: „Beauftragte der Bundesregierung für Ausländerfragen“.

Cornelia Schmalz-Jacobsen hat zum Ende ihrer Amtszeit ein Memorandum unter dem Titel „Integration – Grundvoraussetzung ohne Alternative“ vorgelegt. Darin bemängelte sie, dass in Deutschland bislang keine klare Beschreibung von Mindestanforderungen für die soziale Integration existiere, etwa die Achtung von Normen und Werten, wie sie die Verfassung festschreibt. Das Erlernen der deutschen Sprache war für Cornelia Schmalz-Jacobsen eine elementare Grundvoraussetzung für die Integration in das gesellschaftliche, wirtschaftliche und politische Leben.

Die Beauftragte sah bei Ausländern und Spätaussiedlern beinahe identische Integrationsanforderungen und -schwierigkeiten und forderte deshalb, dass die Integration von Aussiedlern und Ausländern nicht länger getrennt voneinander verfolgt wird. Es sei höchste Zeit für ein schlüssiges Konzept einer systematischen Integrationspolitik für alle Zuwanderer, die dauerhaft nach Deutschland kommen.

Zum Bereich Staatsangehörigkeits- und Einbürgerungsrecht forderte sie das „ius soli“ für Kinder, deren Eltern ihren festen Lebensmittelpunkt in Deutschland haben. Sie trat für die Verkürzung der Fristen für die Anspruchseinbürgerung ein. Die Hinnahme von Mehrstaatigkeit war für sie ein Mittel, um die Einbürgerung weiter zu erleichtern. Ein Recht auf doppelte Staatsangehörigkeit sollte es aber nach ihrer Vorstellung auch künftig nicht geben.

Unter dem Stichwort „Europäisierung der Asyl-, Migrations- und Integrationspolitik“ forderte Cornelia Schmalz-Jacobsen eine rechtliche Vereinbarung zur Asylgewährung und Flüchtlingsaufnahme. Es sei zwingend notwendig, die legale Zuwanderung auf eine stabile rechtliche Grundlage zu stellen sowie sie mit Hilfe flexibler Quotensysteme und Auswahlkriterien zu lenken und zu begrenzen.

Eine weitere Forderung ihres Memorandums bezog sich auf die Ungleichbehandlung von Drittstaatsangehörigen und Unionsbürgern. Die Beauftragte sah die Gefahr der Verfestigung einer Zwei-Klassen-Ausländergesellschaft, wenn die Rechte der Drittstaatsangehörigen nicht denen der Unionsbürger angepasst würden.

Ähnlich wie Liselotte Funcke äußerte sich Cornelia Schmalz-Jacobsen zu den institutionellen Rahmenbedingungen eines steuernden Zuwanderungsgesetzes, indem sie die Einrichtung eines Bundesamtes für Migration und Integration forderte. Diesem müsse eine ständige beratende Expertenkommission zur Seite gestellt werden, die in regelmäßigen Abständen über Quoten und Kriterien einer solchen Zuwanderungsregelung beschließt.

Mit Ende der 13. Legislaturperiode schied Cornelia Schmalz-Jacobsen 1998 aus dem Amt der Beauftragten aus.